Проголошення незалежної Української держави стимулювало розвиток педагогічної творчості, активізувало пошуки нових організаційних і технологічних моделей навчально-виховного процесу. Почали виникати нові навчальні заклади, авторські та альтернативні школи, оригінальні концепції навчання й виховання. З`явилася потреба в глибокому вивченні, науковому осмисленні й виробленні на цій основі стратегії і тактики розвитку української школи. Це активізувало науково-педагогічну громадськість щодо створення власного науково-педагогічного центру.
Підтримуючи пропозицію провідних українських учених, Президент України Л.М. Кравчук 4 березня 1992 р. підписав Указ про створення Академії педагогічних наук України (АПН України) як вищої галузевої наукової установи. На виконання цього Указу 16 червня 1992 р. Кабінет Міністрів України прийняв постанову, яка передбачала конкретні заходи щодо утворення Академії педагогічних наук України. Президентом-організатором було призначено М.Д. Ярмаченка. Дійсними членами - засновниками Академії стали 15 відомих в Україні вчених (Ф.С. Арват, Є.Г. Гончарук, О.А. Захаренко, Л.О. Каніщенко, О.В. Киричук, В.М. Мадзігон, Б.І. Мокін, В.Ф. Прісняков, І.Ф. Прокопенко, О.Я. Савченко, В.І. Скок, В.В. Скопенко, П.М. Таланчук, М.І. Шкіль, М.Д. Ярмаченко).
17 листопада 1992 р. відбулися збори академіків-засновників, які завершили формування Академії. Було обрано 7 дійсних членів і 17 членів-кореспондентів Академії педагогічних наук України. 18 листопада 1992 р. на перших Загальних зборах АПН України президентом Академії було обрано М.Д. Ярмаченка, віце-президентом - Л.О. Каніщенка, головним ученим секретарем - О.Я. Савченко. Було утворено три відділення: теорії та історії педагогіки; дидактики, методики та інформаційних технологій в освіті; психології, вікової фізіології та дефектології. До складу Академії входили Науково-дослідний інститут педагогіки, Науково-дослідний інститут психології та Республіканський педагогічний музей.
30-31 березня 1993 р. Загальні збори Академії прийняли Статут Академії і Положення про її відділення, обрали керівників відділень, які водночас були і віце-президентами (віце-президентом - керівником Відділення теорії та історії педагогіки - дійсного члена АПН України В.М. Мадзігона, віце-президентом - керівником Відділення дидактики, методики та інформаційних технологій в освіті - дійсного члена АПН України С.У. Гончаренка, віце-президентом -керівником Відділення психології, вікової фізіології та дефектології - дійсного члена АПН України О.В. Киричука). Збори затвердили тематичний план науково-дослідної роботи АПН України на 1993 рік. Відбулися також збори відділень Академії, на яких було розв'язано організаційні питання (обрано бюро відділень, обговорено плани діяльності на найближчий час). На зборах зазначалося, що головним завданням педагогічної науки є методологічне, теоретичне та методичне забезпечення кардинального оновлення системи освіти на основі врахування реалій життя, перспектив соціально-економічного розвитку України як суверенної держави. 25-26 листопада 1993 р. Загальні збори Академії прийняли рішення про створення Відділення педагогіки і психології професійної освіти, керівником якого став віце-президент Л.О. Каніщенко. Збори схвалили також "Основні напрями розвитку педагогічної і психологічної наук", що стало одним з важливих етапів у виконанні Державної національної програми "Освіта".
23-24 листопада 1994 р. Загальні збори Академії внесли зміни до її Статуту. Відповідно до цих змін вводилися посади академіків-секретарів відділень (замість посад віце-президентів - керівників відділень), на які було обрано: академіком-секретарем Відділення теорії та історії педагогіки - О.В. Сухомлинську; академіком-секретарем Відділення дидактики, методики та інформаційних технологій в освіті - С.У. Гончаренка (Відділення очолювали: з грудня 1997 р. -академік О.Я. Савченко, з квітня 2003 р. - академік Н.М. Бібік, а в листопаді 2007 р. академіком-секретарем обрано О.І. Ляшенка); академіком-секретарем Відділення психології, вікової фізіології та дефектології - О.В. Киричука (у грудні 1997 р. керівником Відділення обрано академіка С.Д. Максименка); академіком-секретарем Відділення педагогіки і психології професійної освіти - Л.О. Каніщенка.
Рішенням Загальних зборів Академії від 28-29 січня 1997 р. Відділення педагогіки і психології професійної освіти було реорганізоване у два відділення: педагогіки і психології вищої школи та педагогіки і психології професійно-технічної освіти. Академіком-секретарем першого відділення було обрано академіка Л.О. Каніщенка (з травня 1997 р. Відділення очолює академік М.Б. Євтух), а другого - академіка Н.Г. Ничкало.
На Загальних зборах АПН України 19-20 грудня 1995 року головним вченим секретарем обрано академіка М.С. Вашуленка.
Етапними для становлення Академії педагогічних наук України стали Загальні збори АПН, що відбулися 17-18 грудня 1997 р. На них відзвітувався перший склад Президії Академії. З доповіддю "Розвиток педагогічної і психологічної наук в Україні за період становлення і діяльності АПН (1992-1997)" виступив президент Академії М.Д. Ярмаченко. На цих же зборах президентом Академії обрано дійсного члена АПН України В.Г. Кременя, віце-президентом - В.М. Мадзігона. Відбулися також вибори академіків-секретарів відділень, якими стали О.В. Сухомлинська, О.Я. Савченко, С.Д. Максименко, Н.Г. Ничкало, М.Б. Євтух.
21 квітня 2000 р. першим віце-президентом АПН України обрано В.М. Мадзігона, віце-президентом - О.Я. Савченко, а 11 квітня 2003 р. головним вченим секретарем обрано О.І. Ляшенка.
Академією педагогічних наук України зроблено вагомий внесок у подальший розвиток педагогічної і психологічної наук, оновлення теорії і практики навчально-виховного процесу.
Ураховуючи провідну роль АПН України у забезпеченні розвитку національної системи освіти, проведенні фундаментальних досліджень, значний внесок у підготовку наукових і науково-педагогічних кадрів Указом Президента України від 24 лютого 2010 року № 259/2010 Академії педагогічних наук України надано статус національної, з подальшим іменуванням її - Національна академія педагогічних наук України (НАПН України).