Центр було створено 7 липня 1998 року спільним наказом Міністерства освіти України і Академії педагогічних наук України (наказ № 254/24).

Завдання центру:
• Здійснення фундаментальних і прикладних наукових досліджень, державних цільових програм на замовлення законодавчих та виконавчих органів державної влади
• Обґрунтування теоретико-методологічних засад становлення і розвитку практичної психології і соціальної педагогіки в Україні.
• Науково-методичне керівництво психологічною службою системи освіти України, визначення напрямів і пріоритетів її розвитку.
• Комплексний аналіз соціальної ситуації особистісного та психічного розвитку дітей і молоді, вивчення психологічних механізмів соціалізації особистості, підвищення її соціально-адаптаційних можливостей, особистісного зростання.
• Організація і проведення наукових та науково-практичних конференцій, симпозіумів, семінарів з актуальних питань практичної психології і соціальної педагогіки в системі освіти.
• Науково-просвітницька діяльність, ознайомлення широких верств населення з результатами науково-дослідницького пошуку у сфері практичної психології і соціальної педагогіки.
• Представлення здобутків вітчизняної теорії і практики з питань практичної психології і соціальної педагогіки на міжнародному рівні.
• Створення нормативної бази діяльності психологічної служби;
• Впровадження новітніх методичних розробок для практичних психологів і соціальних педагогів різних типів навчальних закладів.

У 2002 році в структуру Центра улилась Центральна психолого-медико-педагогічна консультація.

Система психолого-медико-педагогічні консультації – це установи системи освіти України, діяльність яких спрямована на підтримку, захист прав (та створення умов) для здобуття якісної освіти дітей з особливими освітніми потребами, у тому числі з інвалідністю.

Основними завданнями діяльності Центральної ПМПК є:
• Координація діяльності системи ПМПК
• Здійснення науково-методичного та нормативно-правового забезпечення діяльності системи ПМПК
• Виконання арбітражної функції (розгляд найбільш діагностично складних та соціально-конфліктних випадків)